Hiện tượng phi vật chất hóa, trong đó thế giới thực trở thành kỹ thuật số, đã trở thành một vấn đề và phải được giải quyết ngay lập tức. Sau khi nghe về sự việc này, Netto và Rockman đã rời đi theo cha của họ và Nhà nghiên cứu mạng, Yuuichirou. Anh ta cũng đã tìm thấy tin tức về một cuộc xâm lược trong máy tính của công ty ủy thác Trinity Brain: *Bản thân Trái đất sẽ hiểu cách mọi thứ tồn tại trong thế giới mạng*. Để phá chương trình gây ra sự cố, Netto và Rockman phải đi sâu vào lòng đất. Nhưng những kẻ thù cũ đang chờ đợi họ ở đó, cũng như những kẻ mới. Khi họ chiến đấu với nhau, cuộc sống mạng độc ác, Nebula Grey, thức tỉnh. Hiện tượng Phi vật chất hóa sẽ không dừng lại trừ khi Tinh vân Xám bị đánh bại.
