Trong câu chuyện khoa học viễn tưởng mạng này, một cậu bé tên Remu đi lấy lại linh hồn của em gái mình, người đã biến mất trong không gian mạng. Một ngày nọ, khi Remu Mikage đang gọi điện video với em gái của mình, Shiki, người đã đến thành phố Mega Float City tương lai trên đảo Okinotori để học, cô ấy thú nhận rằng cả âm thanh và hình ảnh của cô ấy đều hoàn toàn giả tạo. Để học tập hiệu quả hơn, Shiki đã sử dụng máy nano liên kết thần kinh để tải ý thức của mình lên máy tính và lưu trữ cơ thể vật lý của mình trong một "bể chứa cơ thể". Trong khi bị sốc, Remu vẫn ủng hộ quyết định của em gái mình, cho đến khi thảm họa được gọi là "Sự sung sướng sớm" xảy ra. Sự Rapture Sớm khiến tất cả những người đã tải lên ý thức của họ sẽ rơi vào trạng thái hôn mê hoặc chết. Remu đến thăm căn hộ trống của em gái mình lần cuối, nhưng bị sốc khi Shiki đến trước cửa. Không còn ký ức về gia đình hay quá khứ, và bị truy đuổi bởi một nhóm các nhà nghiên cứu bạo lực, Shiki và anh trai cô buộc phải chạy trốn bằng cách sử dụng sức mạnh thao túng máy nano mới tìm được của cô.
