Diễn ra 30 năm sau các sự kiện trong anime , Từng có một học sinh lớp 5 11 tuổi tên là Nathan Adams, tay cầm một chiếc đồng hồ đeo tay có thể ra lệnh cho Yo-kai, cậu sẽ kết bạn với Yo-kai và thực hiện rất nhiều việc lớn. Nhưng khi Nathan lớn lên và cưới Katie, anh mất khả năng nhìn thấy Yo-kai. Và đối với chiếc đồng hồ đeo tay có thể điều khiển Yo-kai, sự tồn tại của nó có nguy cơ làm xáo trộn sự cân bằng giữa thế giới con người và Yo-kai, vì vậy nó đã bị lãng quên ngoài thời gian và không gian. Chẳng mấy chốc ... câu chuyện về chiếc đồng hồ đeo tay điều khiển Yo-kai đã trở thành một huyền thoại. Nhưng sau đó, một điều gì đó đã xảy ra sau nhiều năm đã trôi qua ... một loại virus Yo-kai dịch bệnh được gọi là Onimaro bắt đầu ảnh hưởng đến những người có ý định xấu xa và lây lan vô tận, biến họ thành Kaodeka Oni và gây ra sự hỗn loạn khắp thành phố. Với sự kết thúc gần
