Sousei no Aquarion Evol lấy bối cảnh vào mùa xuân năm 1966. Shin Tsukishima, người đang đi du lịch để lấy một chiếc radio pha lê, đã gặp Yuno Kawazu, một cô gái đang khóc trên bãi biển ở Izu. Shin và Yuno được hướng dẫn bởi Sách Sáng thế và gặp nhau giữa chừng. Ranh giới giữa ba thế giới bắt đầu biến dạng.
