Khi mùa thay đổi từ mùa xuân sang mùa hè, Makoto Yuuki vẫn ở bên cạnh Đội thực thi ngoại khóa chuyên biệt (SEES). Đội tiếp tục đánh bại các Shadows lớn nhỏ, nhưng giờ đây họ đụng độ với một kẻ thù mới: Strega, một nhóm người dùng Persona lừa đảo muốn giữ Giờ đen tối làm lợi thế cho mình có vẻ như Strega có thể nắm giữ manh mối về Giờ đen tối Thiên nhiên thật sự.
