Khi Shinsei Inazuma Japan chuẩn bị thi đấu với Inazuma Legend Japan, một cuộc tấn công bí ẩn của một người và một bầy robot đã làm gián đoạn, và sức mạnh của một cô gái bí ẩn khác đã đẩy thế giới vào một chiều không gian khác. Khi thế giới của Inazuma Eleven Go và Danball Senki W gặp nhau, hai đội phải làm việc cùng nhau để tìm hiểu chuyện gì đã xảy ra với thế giới của họ.
